Početak rada Centra za ispitivanje namirnica povezan je s radom veterinarske službe na području grada Beograda. Odlukom Izvršnog narodnog odbora grada Beograda i rešenjem Povereništva za poljoprivredu br. 2700 od 9. aprila 1952. godine osnovana je Gradska veterinarska stanica, Ubrzo se u okviru Stanice formira poseban odsek koji obavlja kontrolu veterinarsko-sanitarnih uslova u objektima za proizvodnju i promet namirnica animalnog porekla, kao i pijaca gde iste prodaju individualani proizvođači.
Godine 1964. veterinari Stanice bili su ovlašćeni veterinarski inspektori za sve poslove iz nadležnosti Narodnog odbora Beograda i kasnije Skupštine opštine. Tako oformljenu tržišnu kontrolu 1976. godine preuzima tek osnovana Gradska veterinarska inspekcija, dok je Gradska veterinarska stanica nastavila da obavlja poslove na području grada Beograda koji su bili u okviru njene nadležnosti.
Gradska veterinarska stanica, odnosno njena laboratorija za kontrolu ispravnosti namirnica animalnog porekla, seli se u prostorije u Uzun Mirkovoj ulici (kod stare zgrade Skupštine Beograda), a zatim u prostorije u ulici Zmaja od Noćaja, gde se danas nalazi Centar za ispitivanje namirnica.
Godine 1965. je pri Stanici formirano novo odeljenje za dezinfekciju, dezinsekciju i deratizaciju. Iste godine fuzionisanjem s drugim veterinarskim ustanovama i rešenjem Skupštine Beograda br. 05-1988/1 od 26. novembra 1965. godine formirana je jedna ustanova - Gradski stočarsko-veterinarski centar.
Godine 1973. u okviru društvenih transformacija preduzeća Centar se organizuje kroz rad šest osnovnih organizacija, pri čemu je delatnost jedne pregled životnih namirnica. Tako organizovan Centar u cilju lakšeg poslovanja i organizovanijeg rada 1990. godine transformiše se u šest samostalnih radnih organizacija (preduzeća), koja su ga suštinski i činila. Ovim se prvi put formira današnji Centar za ispitivanje namirnica kao finansijski i organizaciono samostalna radna organizacija.
